Con le sue cinque torri disposte attorno al nucleo centrale, Arrubiu è l'unico nuraghe pentalobato conosciuto con certezza in Sardegna. Aggiunte alla torre centrale originaria, le cinque torri ampliarono nel tempo le difese del complesso e degli spazi destinati alle attività della comunità che lo popolava. Il sito divenne così una cittadella fortificata.
Il bastione a cinque torri è circondato dall'antemurale, una seconda cinta fortificata con sette torri e ampi cortili interni. Il cortile X era in origine l'unico punto di controllo e di accesso alla fortezza. Il cortile Y era invece uno spazio di passaggio e ospitava una struttura cilindrica, il cui probabile uso era la conservazione delle derrate alimentari o di altri beni di valore.
Dal cortile centrale si accede alla torre principale (A) e alle cinque torri periferiche (C, D, E, F, G). Al loro interno si conservano elementi tipici dell'architettura nuragica: nicchie murarie, vani di servizio e scale interne. La torre centrale ospita un ambiente coperto a tholos, una falsa cupola costruita con filari di pietra via via più sporgenti verso la sommità.